Le système urinaire est aussi modifié.Les oiseaux n'ayant pas de vessie pour contenir l'urine, urinenet en permanence. Les reins sont en paires de 3 lobes. Les oiseaux ont des uretères mais non des urètres.

La fiente est constituée de déchets urinaires et digestifs. La parite liquide de la fiente est l'urine, les fèces, sont la partie solide. La parti liquide entoure les fèces qui peuvent avoir diverses couleurs en fonction de ce que l'oiseau a mangé.